La Inquisición Portuguesa fue un sistema formal de tribunales, denunciantes y calabozos, que actuó en Portugal y las colonias de ultramar del Imperio Portugués, entre 1536 y 1821, con el fin de perseguir a los no católicos, castigar la disidencia religiosa interna católica y, en general, erradicar las prácticas y opiniones condenadas por la Iglesia Católica, mediante la coacción y censura. Institucionalmente fue análoga a la Inquisición Española, y al igual que ésta tuvo un estatuto especial, que le permitía actuar con casi completa independencia respecto de la Curia Romana y las autoridades civiles locales,1 contando con las máximas armas y atribuciones otorgadas por lamonarquía portuguesa.2 En los autos de fe realizados entre 1536 y 1794, la Inquisición Portuguesa ejecutó alrededor denota 1 1.183 personas, ejecutó in effigie (destrucción de una representación o retrato, por muerte previa o evasión del condenado, y posterior confiscación de sus bienes) a 663 personas y aplicó diversos castigos a otras 29.611 personas.En Portugal, donde se habían refugiado numerosos judíos españoles luego de la expulsión de 1492, el rey Manuel I, presionado por sus suegros, los Reyes Católicos, decretó la expulsión de los judíos que no se convirtieran al cristianismo en 1497. Esto produjo numerosas conversiones al catolicismo.

La Inquisición portuguesa fue establecida en Portugal en 1536 por el rey Juan III. En un principio, la Inquisición portuguesa estaba bajo la autoridad del papa, pero en 1539, el rey nombró inquisidor mayor a su propio hermano, Don Enrique. Finalmente, en 1547, el papa terminó aceptando que la Inquisición dependiese de la corona portuguesa.

El primer auto de fe tuvo lugar en Lisboa el 20 de septiembre de1540.

En 1560 se estableció un tribunal de la Inquisición en Goa.

La Inquisición portuguesa fue abolida por las Cortes Generales en1821.