Toda denuncia, incluso anónima, era válida. Una vez recibida, se abría de inmediato una investigación secreta que al revelar algún indicio, por débil que fuera, conducía al apoderamiento de la persona indiciada y al aseguramiento de sus bienes. Se le tomaba enseguida una declaración que incluía siempre preguntas sobre su familia y su origen, sobre su conocimiento de los dogmas y prácticas sobre la religión católica, y sobre si tenía alguna sospecha acerca del motivo de su prisión. Por lo general el acusado manifestaba total ignorancia a ese respecto, temeroso de implicarse en algún hecho que no figurara en la denuncia, situación que agravaba su caso. Si después de preguntarle tres veces el acusado persistía en la misma respuesta se le declaraba "negativo" y se abría propiamente hablando el proceso. Durante toda la secuela de éste –que a veces tardaba años- el acusado permanecía incomunicado en la llamada cárcel del secreto y ni siquiera podía hablar con él uno de los inquisidores si faltaba alguien que pudiera servir de testigo. El acusado nunca era informado del nombre de quienes declaraban en el proceso, no había por supuesto la posibilidad de careos y el recurso de tachar a un testigo por ser enemigo del acusado solo podía hacerse efectivo si este adivinaba quien había declarado en su contra o por torpeza del acusado en las declaraciones del testigo. A todos los testigos se les exigía el juramento del secreto.

Inquisición española en México

La historia de la Santa Inquisición en México se inició desde los primeros momentos en que los españoles pisaron el continente americano. Los primeros casos de que se tiene noticia son las "ordenanzas" contra blasfemos promulgadas por Hernán Cortés en 1520, es decir, antes de la caída deTenochtitlán, y el proceso de idolatría iniciado por Nuño Beltrán de Guzmán en contra del Caltzontzin, señor de los tarascos. Por otra parte, hay ciertos indicios de actividades inquisitoriales contra herejes desde 1522, realizadas al parecer, por frailes que desde entonces ya se encontraban en México.

Tribunal del Santo Oficio, que dependía directamente del Consejo de la Suprema Inquisición, que estaba encabezado por el inquisidor generalde la Monarquía Hispánica. La autoridad superior del tribunal en México era el Inquisidor, o Inquisidores, ya que el puesto normalmente lo ocupaban varias personas. Los empleados de más alto rango eran el fiscal, a cuyo cargo estaba el promover los procesos, y el Secretario del secreto, que tenía fe pública y autorizaba las actas, diligencias, despachos, edictos, etc. Los inquisidores contaban con un cuerpo de personas doctas y de alta posición social y oficial llamados "consultores del Santo Oficio", que integraban una especie de consejo. Estos consultores intervenían con su voto en las decisiones graves, como cuando un reo era condenado a muerte. El tribunal contaba además con el auxilio de un cuerpo de peritos en asuntos teológicos y religiosos, llamados calificadores del Santo Oficio, cuya misión era ilustrar la opinión de los inquisidores en casos debatibles y de difícil resolución. También existía un cuerpo policiaco, que eran quienes resguardaban las cárceles y el Tribunal del Santo Oficio.